Palmeirense desde criança, Zé Rafael chegou ao Verdão em 2019 e soma 311 jogos, 25 gols, 27 assistências e 11 títulos. Em 2024, o meio-campista enfrentou problemas físicos (lesões nas costas) e disputou apenas 36 jogos, com nenhum gol marcado e quatro assistências.
O jogador, que perdeu espaço no elenco do técnico Abel Ferreira, aceita a proposta do Peixe depois de quatro tentativas da diretoria alvinegra.
Zé Rafael ainda não participou de nenhum treino com bola em 2025. O jogador está em processo de recuperação física por causa dos problemas nas costas.
Mesmo com essas questões físicas, o técnico Pedro Caixinha fez questão de contar com o meio-campista no elenco santista.