O objetivo do programa é criar diretrizes nacionais para a certificação de "serviços e produtos industrializados comprovadamente produzidos na Amazônia Legal, a partir de matérias-primas e insumos da biodiversidade do bioma Amazônia, em observância a requisitos de sustentabilidade ambiental, econômica e social predefinidos".

Os requisitos para obtenção do Selo Amazônia serão estabelecidos por um órgão colegiado, com a participação dos setores governamentais e produtivos e da sociedade civil organizada da Amazônia Legal, incluídos povos indígenas, povos e comunidades tradicionais e agricultores familiares.

Já ficam excluídos de antemão os serviços e produtos que, direta ou indiretamente, promovam o desmatamento ou a degradação de florestas nativas na Amazônia; representem risco à biodiversidade ou contribuam para a extinção de espécies endêmicas ou ameaçadas do bioma Amazônia; e violem os direitos dos animais, incluídas práticas que resultem em maus-tratos, exploração desumana ou utilização de espécies silvestres em desacordo com a legislação ambiental e de proteção animal.