O defensor estava emprestado à Chapecoense desde abril deste ano. Assim como o time paulista, o jogador disputou a Série B do Campeonato Brasileiro nesta temporada. Ao fim da competição, a equipe da Vila Belmiro decidiu ceder em definitivo o atleta porque não conta com ele para a próxima temporada. Jhonnathan tinha contrato com o Santos até 30 de abril de 2026.
Pelo Santos, o jogador de 23 anos participou do vice-campeonato da Copa São Paulo de Juniores em 2022. Na época, era titular da equipe. Antes, há havia recebido oportunidades entre os profissionais, em 2021, com o técnico Ariel Holan. Na época, esteve em cinco partidas. Na base santista, o zagueiro também atuou como volante e na lateral-esquerda.
Antes de ser cedido à Chapecoense, teve passagem pelo Brasil de Pelotas, disputando a Série C, também por empréstimo. Neste ano, pela equipe catarinense, ele somou nove partidas e marcou um gol.
A primeira saída do elenco santista acontece antes mesmo da contratação de um novo treinador. O time está sem técnico desde que Fábio Carille foi dispensado antes mesmo da rodada final da Série B. O presidente Marcelo Teixeira afirma que o clube já tem um novo treinador, ainda não assinado, mas faz mistério por alegar que ele ainda tem vínculo com outro clube brasileiro.