JP Sampaio começou sua carreira no esporte em 1991, como atleta amador. Ele chegou a atuar pelo Vitória. Em 2000, ele virou auxiliar técnico da equipe juvenil do clube baiano e entre 2001 e 2007 virou treinador. Ele foi campeão baiano infantil, juvenil e júnior. Para essa transição de carreira, ele se graduou em Educação Física e fez um MBA em gestão desportiva.

Em 2009, ele virou coordenador da divisão de base e conquistou os títulos de Campeão Brasileiro Sub-15 e da Copa do Brasil Sub-20. No ano de 2015, ele foi promovido a diretor de futebol. No mesmo ano, porém, ele deixou o cargo rumo ao Palmeiras para ser coordenador de base.

Quando chegou ao clube, JP Sampaio afirmou que a sua ideia era "resgatar a antiga Academia". Foi sob os cuidados dele que nomes como Endrick e Estêvão foram revelados. No clube paulista, ele tem mais de 200 títulos na base, vencendo em todas as categorias (sub-11 ao sub-20).